Drużyna KUPCZYK została założona w styczniu 2001 roku i wystartowała w III Lidze Krakowskiego Futsalu. W tym samym roku drużyna KUPCZYK zajęła 2 miejsce w III Lidze Krakowskiej i awansowała do II Ligi Krakowskiej.

W roku 2002 drużyna bezapelacyjnie wygrała II ligę (23 zwycięstwa na 26 meczy) i awansowała do Ekstraklasy. Ponadto drużyna KUPCZYK uczestniczyła w kilku turniejach na arenie ogólnopolskiej i osiągała w nich sukcesy.

Na początku 2003 roku drużyna KUPCZYK zdobyła Puchar Ligi Krakowskiej. Jako zdobywca Pucharu Ligi reprezentowała Kraków w Ogólnopolskich rozgrywkach o Puchar Polski dochodząc do półfinału.

Na początku 2004 roku jako wicemistrz Krakowa nasza drużyna ponownie doszła do półfinału Pucharu Polski i została wyeliminowana przez późniejszego zdobywcę tego trofeum Clearex Chorzów.

W 2003 i 2004 roku nasza drużyna uczestniczyła w wielu turniejach krajowych i międzynarodowych m.in. w Rzeszowie, Nowym Sączu, Krakowie. Jako największy sukces neleży jednak uznać zwycięstwo w bardzo mocno osadzonym turnieju Euro Futsal Cup 2004 w Fano we Włoszech.

Rok 2005 był szczególnym rokiem. Kupczyk Kraków zadebiutował w Ekstraklasie. Młodzieżowcy wygrali Mistrzostwa Polski. Nasi zawodnicy dostali powołanie do Reprezentacji Polski, a wygrana turnieju Euro Futsal Cup 2005 w Ricciano (Włochy) potwierdzała coraz lepszą dyzpozycję drużyny.

W roku 2007 młodzieżowcy Kupczyka po raz drugi w historii sięgają po najwyższe trofeum - zostają Młodzieżowym Mistrzem Polski, za rok w ich ślady idą seniorzy - Kupczyk Kraków zdobywa w 2008 roku Puchar Polski i jest to najwieksze jak dotychczas osiągnięcie naszego klubu.